В Историко-краеведческом музее Атырауской области хранятся ценности материальной и духовной культуры характеризующие историю края с древнейших времен до наших дней. В научном фонде музейные предметы объединенные по типу, материалу разделены на более 20 коллекций.

Основная работа всех научных отделов непосредственно связана с музейным фондом и эта работа направлена на учет, хранение, научную регистрацию, постоянное пополнение музейных экспонатов, научную паспортизацию и исследование.

В настоящее время сотрудники научного отдела проводят инвентаризационно-регистрационные работы с описанием научных характеристик и описанием экспонатов, принятых в ходе заседания комиссии по закупу (отбору фондов) проведенного в сентябре месяце.

В ходе экспертизы в фонд музея были приняты гильзы (гильза от винтовочного патрона) относящийся к 1917 году обнаруженные в ходе археологических раскопок на местах историко-культурного наследия расположенных на территории месторождения «Тенгиз» Жылыойского района и грузило применяемый для рыболовства. Были приняты и другие исторические ценности: виды оружия, орудия для рыболовства найденные при археологических раскопках в кургане Аралтобе, восстановленные в научно-реставрационной лаборатории «Остров Крым» в г. Алматы, также музыкальные инструменты и картины, использованные для длительных временных выставок в музее.

Кроме того, в музее работа по инвентаризации фондов продолжается совместно со специалистами научных отделов.