Музей с 80-летней историей был впервые открыт постановлением оргкомитета Президиума Верховного Совета Казахской ССР по Гурьевской области от 22 июля 1939 года №23 «Об открытии областного музея» и официально принял своего первого зрителя 5 ноября 1940 года с 323 экспонатами.

В первые годы в музее были созданы отделы природы, истории и экспозиции, по штатному расписанию в 1940 году в музее работали 6 сотрудников (директор, научный сотрудник, заведующий хозяйством, бухгалтер, сторож, уборщица).

Первый директор музея - Мустагали Якупов. Он родился в 1912 году в селе Сарайшык Махамбетского района Атырауской (Гурьевской) области. В 1924-1929 годах окончил начальную школу 5-7 классов, в 1929-1931 годах Гурьевское педагогическое училище. В 1931-1933 годах заведовал начальной школой в Баксайском районе (ныне Махамбетский район), в 1933-1935 годах секретарь Гурьевской (Атырауской) городской прокуратуры, в 1935-1939 годах заведующий детским домом областного управления образования, с января 1940 года директор Историко-краеведческого музея Атырауской области.