80 жылдық тарихы бар музей алғаш Қазақ КСР Жоғарғы Кеңесі Төралқасының Гурьев облысы бойынша Ұйымдастыру комитетінің 1939 жылғы 22 шілдедегі №23 «Облыстық музейді ашу туралы» қаулысымен ашылып, ресми түрде 1940 жылы 5 қарашада 323 жәдігермен алғашқы көрерменін қабылдаған.  

Алғашқы жылдары музейде табиғат, тарих және экспозициялық бөлімдер құрылып, штаттық кесте бойынша 1940 жылы музейде 6 қызметкер (директор, ғылыми қызметкер, шаруашылық меңгерушісі, есепші, күзетші, тазалықшы)  қызмет атқарған.

Музейдің алғашқы директоры – Мұстағали Якупов. Ол 1912 жылы Атырау (Гурьев) облысы, Махамбет ауданы, Сарайшық ауылында дүниеге келген. 1924-1929 жылдары 5-7 сыныптық бастауыш мектебін, 1929-1931  жылдары Гурьев педагогикалық училищесін бітірген. 1931-1933  жылдары Бақсай ауданында (қазіргі Махамбет ауданы) бастауыш мектепте меңгеруші, 1933-1935 жылдары Гурьев (Атырау) қалалық прокуратурасында хатшы (секретарь), 1935-1939 жылдары облыстық білім басқармасына қарасты балалар үйінің меңгерушісі, 1940 жылдың қаңтар айынан бастап Атырау облысы  тарихи-өлкетану музейінің директоры қызметін атқарған.